Vooreerst is de Haven de enige beheerder van het Brusselse havendomein. Ze is een zogeheten ‘landlord port’: de Haven blijft eigenaar van haar terreinen en kent concessieovereenkomsten toe aan haar klanten, die op het havendomein een economische activiteit ontwikkelen. Met haar 200 klanten in totaal is de Haven van Brussel een zeer belangrijke economische speler voor Brussel. De duur van de toegekende concessies door de Haven varieert naargelang de investeringen van de concessionaris. Deze kan oplopen tot wel 30 of 40 jaar voor klanten die activiteiten ontwikkelen met een hoog investeringsniveau.
Voor haar terreinen langs het kanaal legt de Haven haar klanten op dat zij voor hun activiteit gebruikmaken van de waterweg. Zo genieten ze voorkeurtarieven naargelang de tonnages die ze vervoeren langs de waterweg. Omgekeerd kunnen klanten die hun verbintenissen voor waterwegvervoer niet naleven, ook boetes opgelegd krijgen.
Verder beheert de Haven het TIR Logistics Centre, een groot magazijnencomplex vlakbij het stadscentrum. Daarin biedt de Haven haar klanten een flexibel geheel van magazijnen, aan concurrentiële prijzen.
In tegenstelling tot de grote meerderheid van de andere Europese havens staat de Haven van Brussel ook in voor het beheer van de waterweg. Deze openbare opdracht wordt haar toegekend door het Brussels Hoofdstedelijk Gewest, dat deze integraal financiert.
Deze opdracht omvat niet enkel het beheer van de twee mobiele bruggen in Brussel (Buda- en Godshuizenbrug) en de twee sluizen (Molenbeek en Anderlecht). Maar ook het onderhoud van de kades en oevers van de 14 km waterweg, en de baggerwerken die noodzakelijk zijn voor het optimale behoud van de scheepvaart.
Voor de goede uitvoering van deze opdrachten kan de Haven rekenen op haar technische dienst en het operationeel team van de kapiteinsdienst.
Recent kreeg de Haven ook de opdracht toegekend van logistiek facilitator voor het Brussels Hoofdstedelijk Gewest. Zo is ze de logistiek deskundige van het gewest, en heeft ze als prioriteit om een modal shift te begunstigen van de weg naar meer milieuvriendelijke transportmodi: de spoor- en waterweg.
Voor deze opdracht werkt de Haven nauw samen met Brussel Mobiliteit en stelt ze een transportdeskundige ter beschikking van geïnteresseerde bedrijven. Zij kunnen zo hun logistieke stromen moderniseren, en krijgen gratis advies.
Daartoe streeft de Haven naar een verbeterde logistiek van de laatste kilometer (last mile logistics), door stedelijke distributie- (SDC) en overslagcentra (SOC) te ontwikkelen in de haveninstallaties.